司令管理军队与军事行动。下设总参谋部，人员从三军选调，直接对太子负责，遵照总参谋长的军事思想进行军队日常训练、军队建设和战时作战计划的制订、实施与评价。设立装备部，拟由智侯董因知与技侯解平分别提任正副部长，负责军队装备的研发、制造与配装。设立后勤部，负责军队的粮草、服装、医药等征集、贮备、运输，负责营房建设与管理。正副部长推荐人选罗运捷与陈权涛。成立军事工程部，负责军港、机场、边境防御阵地和战时交通线的修建，人选待定。
海军
司令：太子兼任，副司令：三人，由太子选定。参谋长：三名，由太子选定。
北海舰队：
母港：旅大港。
下辖军港：库叶岛军港（待建），琉球军港和釜山军港。
暂配备二代战舰及升级版军舰，原朝鲜海军兵舰及船只配属使用。
主要负责白令海峡到东海一线的防卫。
东部舰队：
母港：上海港。
下辖军港：厦门港，高雄港和塘沽港。
暂以二代军舰为主，配属少量四代战舰（待建）。
主要作用是维护大明内陆安全和对北海与南海舰队的战时驰援。同时负责最新战舰的适应训练。
南海舰队
母港：湛江军港。
下辖军港：海南军港（待建）和金兰湾军港（待夺取待改造）。
首攻目标：交址金兰湾军港。
主要作战方向：东南亚现有国家及南半球所有无文明人政权的岛屿。
配备在造的三代战舰和湛江军港现有的二代战舰升级版。
远洋无敌舰队
等南方战局结束后成立，目标是能打下全球每一个敌对的国家。将配备最新式战舰。
海军陆战队
驻地：海南岛（主要对热带与亚热带地区用兵）和朝鲜半岛（主要对寒冷地区用兵）。
规模：二万+一万人。
使用：乘坐运兵舰跟随战舰夺取陆地目标。
武器配备：与陆军快速反应部队相同。
陆军
司令：驸马暂代，副司令：郑程中、邓铿、胡靖与。参谋长：待定
极北战区：司令肖铭名
辖现有极北军区、辽东军区、朝鲜驻军及蒙古部族骑兵。
兵员：五万人
主要作用：守卫极北防线。相机占领白令海峡以东土地（由北海舰队协助）
东部战区：司令员：胡靖与兼任。
辖山东、安徽、江苏、福建、河南、湖北、浙江及台湾八省驻军。
兵员：四万人
主要作用：负责东部国土守卫并在战时驰援。
南部战区：司令员：彭天风
辖广东、广西、湖南、江西、云南、四川、贵州七省驻军。
主要作用：守卫南方国土，协助海军夺取南方陆地与岛屿。
当前首要目标：1、协助南海舰队夺取交址。2，相机夺取与云南相邻的所有国家。打通到印度洋的陆路通道。
兵员：十二万人。
西部战区：
司令员：彭天勤
辖山西、陕西、甘洲和西藏、青海五个边疆省的驻军。
兵员：十三万人。
主要作用：守卫边疆，维护地区民族团结和攻取西域地区，相机消灭李贼残余和吴三桂叛军。
京城卫戍军区
司令员：由皇上钦定
辖河北与京城驻军。
主要作用：守卫京城安全。
空军
待成军，
司令：将由慈炯担任
辖五个航空师。
二级军事单位
1、燃料部队
司令员：红娘子
兵员：五万人
主要作用：负责大明的燃料钻探、开采、加工、贮存与运输。战时燃料的输送与保卫。
2、铁道部队
司令员：李陈镝。副司令：周军勇（主持全面工作）。
主要作用：修筑全大明的铁路，战时交通线的守卫。
兵员：十万人。
3、地方治安部队。
军队改革程序
一、成立军政大学，地址：南方分校，南京。北方分校：京城。
第一批学员：各地大明驻军守备、同知和两名千总。南方新军每军二十名大队长和四十名中队长。
学期三个月，凡不符合思想、军事技能与文化标准的，就地免职。不合格守备由同任同知接任，不合格同知由同任千总接任，不合格千总由新军中队长接任。如果守备与同知均不合格，守备派优秀新军大队长接任。
配齐守备与同知后，每地驻军组成七人军改小组，回去对驻军进行整改。凡不达标将士，全部撤消军籍，如有严重违纪者，追查责任。如果抗拒不军改者，杀无赦。
这一阶段三至五个月内完成。
同步进行的是，对全社会进行征兵运动。
第二批学员：从优秀底层军官及士兵中选调，
培训期：两年
两年后合格学员分赴各军担任基层军官。
成立海军