虽然内丹功法后面阶段部分内容已经涉到了仙侠色彩，不过根据丹功典籍记载和一些人的实修，即使没有灵异存在的现实世界中，也有些人确定在修炼中有过那些经历体会。
比如修炼到哪个阶段会出现什么奇异景象，能看到、听到、感到什么声音、光团和身体的变化，不是虚构想象的蒙人神话。比如“虚室生白、阳光三现”，可是这就是修炼过程中身体出现的提示，提醒人们修炼到了哪一步，出了什么成果，或可以进入下一阶段了。
即使是在这个中武世界内丹功只能修炼到“炼炁化神”和“炼神还虚”阶段，沈飞就很满足了，后面更高级的阶段，号称“炼虚合道”的“粉碎虚空”，大不了到存在“破碎虚空”概念的黄易中去实现。
不过在中武世界也未必没有希望，龙门派赵避尘提到师传的“粉碎虚空”口诀“打破虚空消息路，我登彼岸不用舟。炼神还虚千变化，撒手虚空是金身。炼就这个不坏体，十方世界归化身。撒手逍遥是这个，这个虚空不是空”，看去也不是全无头绪。
与内家拳最终境界“打破虚空，可以见神”非常相似，如果这两者是相通的，或许可以借修炼内家拳的经验来实现“炼虚合道”，《龙蛇演义》中巴立明大战唐紫尘惜败以后，就评价唐紫尘的八卦掌功夫修炼到了炼虚合道的境界，反正自己有的是时间。
内家拳修炼体系沈飞没有告诉龙木两岛主、妙谛愚茶几人，这是自己夫妻三人和亲传弟子才会的秘技，在整理内丹功的这段日子里，也吩咐弟子们不能泄露内家拳修炼方法。
内丹功是比内功更先进高级的修炼功法，更是不能有一丝错漏。龙木两个岛主毕竟不是张静虚的正式弟子，现代出版物肯定也隐瞒一些必须师徒秘传的内容。
沈飞想起了张伯端诗句的警告“饶君聪慧过颜闵，不遇师传莫强猜”，为防万一有错漏，又花十万点成就值用的系统优化了一下功法，也传授给了弟子们一份。
龙木岛主妙媂愚茶和弟子们都很兴奋，认为有沈飞分享的那些全真派和《九阴真经》内功，加这一套内丹功，即使悟不透石壁的《太玄经》功法也是收获巨大了。
整理内丹功使沈飞加深了对一些功法的理解，不仅《全真大道歌》暗合内丹炼炁化神采服大药的方法，就连石破天的修炼过程也隐隐吻合丹道。
《罗汉伏魔功》，“单是第一步摄心归元，须得摒绝一切俗虑杂念，十万人中便未必有一人能做到”，石破天的性格轻易过了第一步，正符合丹炼己筑基，去后天识神，现先天元神。
石破天虽然已经过了十六岁，却也是处男，与阿绣互为“心肝宝贝”也只是互相爱慕，没有到动性俗的地步，还是先天精炁充足，可以跳过炼精化炁，补足先天元炁这一步。
在侠客岛石破天领悟《太玄经》武功时，其中除了招式、拳法、轻功外，练“三杯吐然诺”、“意气索霓生”，“烜赫大梁城”三句吐纳呼吸的内功时正是采小药运转小周天。
而修炼最后一句“白首太玄经”时，画的蝌蚪和身体窍穴内息感应，直到最后“猛觉内息汹涌澎湃，顷刻间冲破了七八个窒滞之处，竟如一条大川般急速流动起来，自丹田而至头顶，自头顶又至丹田，越流越快”，这就是炼炁化神采大药运行大周天功成了。
石破天修炼成《太玄经》武功后，从丹道角度分析绝对已经过了服食大药，先天真阳之炁点化肉身，成就纯阳之体这一步，至于有没有开始结丹养圣胎就不清楚了。
有了丹功就进行实修。内丹功中每一步所需要的时间都是概数，沈飞相信凭自己经过系统级洗经伐髓的超级资质和身体素质，修炼会非常快，之后就在石室中修炼了起来。石室中每天都有人在钻研《太玄经》功法，而且为了避免打断思路，选定石室以后吃喝练功都在里面，除非老死不会更换。龙木妙谛愚茶几个都不会想到沈飞修炼的是需要长期才能功成的内丹功。
区区八天时间沈飞就到炼炁化神采得大药完成大周天的地步，先天纯阳之炁点化了肉身全身舒泰，结丹开始养圣胎。这比起估计的石破天练成《太玄经》以后的状态还更进一步，已经可以像王重阳和陈楠一样用洗脸水和泥丸给人治病了，至于弟子们时间紧张还是离岛后再修炼保险些。
完颜萍和杨灵月修炼进度和沈飞同步，女丹功只是在筑基“斩赤龙”后炼精化炁换成了炼液化炁，其他的步骤基本一致，丹功到高级阶段以后“斩赤龙”也可以逆转，到收放自如的地步，并不影响床运动，《龙蛇》里王超和唐紫尘结婚后就生儿育女，造就了《星河大帝》里王家和唐家两个超级大家族。
想到自己有两个性伴侣，沈飞又从丹经文献中梳理出了一套简洁的《阴阳双修丹法》，丹功里的阴阳双修未必是指男女，这只是一个流派，方法之一。
南宋时期南宗的刘永年、翁葆光注解张伯端《悟真篇》从男女双修角度作了解释，到明代嘉靖年间的陆西星开创西派丹法影响扩大，稍晚于陆西星的孙汝忠也作过这种理论分析。
陆西星《金丹就正篇》认为男性本来精气充足时类似三个阳爻组成的乾卦，精泄以后成了两阳爻夹一