第二天沈飞又收到密信，崇祯说到他和阎应元商量整顿京营的方法，问阎应元京营要淘汰多少人，阎应元回答很干脆“全不可用”，让崇祯吃了一惊，京营编制十二万人，就算吃空饷，实际上一半人总是有的，整整六万人按阎应元的标准没有一个能留下。
阎应元解释戚继光选兵第一条就强调“切忌不可用城市油滑之人”，京营里都是北京累积几代的地痞无赖，是油滑中的油滑。即便本来中间有几个老实人，在这种环境下其他人也非把他带坏不可。必须像戚继光当年在浙江抗倭时一样，踢开卫所兵，另起炉灶在义乌征新兵训练成军才管用。
崇祯被阎应元说服了，不过又问京营六七万人全部一次性裁掉可能会惹出乱子，如果不裁昭旧养着空耗钱粮又不划算。阎应元说与其朝廷裁掉他们，不如让他们自己退出，他已经有了方案。崇祯就任命阎应元锦衣卫指挥使兼管京营提督。阎应元已经以增补一千人为由向京营派出了密探，之前李守琦裁掉三千，揪出冒名一千，折腾掉了四千人，增加的一千人根本没有引起怀疑。
十天后，查清楚了京营的情况，阎应元就开始动手，沈飞也穿上锦衣卫制服去现场看了看热闹。在校场聚集京营三大营人马，先假意说崇祯登基以来还没有犒赏过京营将士，这次要特别在正饷之外给每个士兵发四两银子，在场的人听到这个消息都很高兴，到了规定的时候，所有人都在来到了校场上，平时不来的都特地来领银子了。
这时周围已经搭起了长棚，摆上了桌椅，新增加的一千人都已经穿上了锦衣卫制服坐在桌子后面。阎应元站在校场中间的高台上，左右站着六十个队列整齐手持鸟铳弓箭的锦衣卫，让人把一箱箱银子抬到台下，拿出兵部调令宣布说这些钱既是犒赏，又是提前发的慰劳银。现在建虏猖獗，蓟镇空虚，领完钱三大营调往蓟镇驻扎。
这样一来下面的士兵一阵哗然叫骂，阎应元让两边的锦衣卫放了一排鸟铳警告，训斥说朝廷平时也没有亏待京营，边军连年欠饷，饥寒交迫，他们在京城从来没有缺过饷银衣食，怎么还不满足，要调他们去边镇就这样大吵大闹，再喧哗吵闹的军法从事。镇住了大部分人，还有十几个继续嚷嚷的直接被鸟铳弓箭射杀了，这下没人再敢发场，甚至有些人吓得尿了裤子。
阎应元让他们有什么话推举出一个人来说，前排几个将领商量后，其中一个说京营已经很长时间没有打仗了，镇守不了蓟镇这样重要的地方，阎应元反问莫非北京城不是重要的地方吗？那个副将没词了。接着阎应元说出真实意图，如果有真的不愿意去的也可以，马上退出京营，不过要缴银作为朝廷另外募兵的费用。士兵每人十两，把总二十两，游击将军四十两，参将六十两，大将二百两。
这也是阎应元和崇祯经过商量计算的。进入京营的名额很多人都是买来的，都有些钱和关系。北京城是富商文人官员汇聚的地方，就是把房子租给这些人都能有丰厚的收入，在京城居住几代的市民不会缺钱，何况这些年发给京营士兵的军饷就超过一百两了，要回十两只是十分之一，将官更不用说了。
台下沉默了一阵，从来领银子到要出银子，前后反差太大，一时转不过弯来。阎应元又说要是不退出，今天下午就开拔往蓟镇去，要是中途再反悔当逃兵，军法无情家属连坐。这句话一说，很快有个游击将军表示退出，在锦衣卫的指引下到旁边一个棚子下登记，当场拿出四十两会票给登记的锦衣卫办理了手续，脱下盔甲走了。
有了带头的，其他人也蜂拥而上，大约有五万人要退出，在锦衣卫的组织下，分成每排五十人，半天时间办理完退出军籍手续。带钱的当场交钱，没带钱的登记了姓名住址家庭信息也不怕收不到。剩下的一万人里，经过甄别筛选，又淘汰掉两千人。最后剩下八千人调往蓟镇。崇祯补发军饷让王之臣平息了宁远兵变以后，已经让满桂带一万关宁军移驻蓟镇，这八千人到了蓟镇以后自然由满桂整顿，一天时间，京营就完成了淘汰清理。
当天下午，锦衣卫又抓获了四百名离开军营以后散布谣言的，并且把他们的亲属和背后的势力挖了出来，公示抄家。之前进入京营的一千锦衣卫已经在十天里把京营中最奸猾最喜欢造谣生事的人和他们的社会关系背景查清楚，这些人离开后就跟踪监视，查清楚他们去了哪里、和谁接触、和谁说话后抓起来，稍加刑讯审问就取得了口供，不仅这次串联造谣的事情，连以前干过的脏事都招了出来。关联的太监、商人、勋贵奏报崇祯，崇祯让锦衣卫把他们全抓进了诏狱，有了这些人的榜样，原来的京营士兵再也不敢兴风作浪了。
一天之内把京营收拾干净，很快就成了北京城里街谈巷议的奇闻，官民难得达成了一致，平时被京营士兵欺负多了的小商贩当然开心，一直因为京营这个大麻烦头大的官员们也感觉轻松。
紧接着很快知道了后续消息。阎应元派出两千锦衣卫到北直隶各州府重新招兵，每个招一百人，交代全都要吃苦耐劳，性情刚直的“良家子”。招满二十万人以后经过初步比试淘汰，留了十万人组建新的京营重新开始训练。
训练的内容沈飞非常熟悉